پایان نامه ژنتیک-138 صفحه
((فایل Word و قابل ویرایش می باشد.))
بعد از پرداخت به راحتی همان لحظه می توانید آن را دانلود کنید.
پایان نامه ژنتیک -بررسی تنوع ژنتیکی هیبریدهای حاصل از تلاقی ارقام پنبه با استفاده از مارکرهای مولکولی
Study of genetic variation of hybrids obtained from crossing of cotton cultivars using molecular markers
قیمت انجام پایان نامه از 100 هزار تومان تا 4 میلیون تومان متغیر است که پایان نامه های آماده قیمت ناچیزی دارند.
پس منصف باشید و قیمت ها را با هم مقایسه کنید.
((((پایان نامه ها و تحقیق های تخصصی سایت حاصل زحمت محققین سایت می باشد و اینترنتی نیست.))))
چکیده
پنبه در ایران به دو فرم دیپلوئید و تتراپلوئید كشت می شود و هیبریداسیون وسیله ای برای افزایش تنوع ژنتیكی و به دست آوردن ارقام ممتاز و جدید در این محصول است. در این تحقیق به بررسی تنوع ژنتیكی هیبریدهای حاصل از تلاقی ارقام پنبه ی دو گونه ی G. herbaceum و G. arboreum با استفاده از ماركرهای مولكولی SSR و ISSR پرداخته شده است. به منظور مطالعه بهتر،ژنوتیپ های پنبه دیپلوئید مورد مطالعه به 3 گروه تقسیم گردیدند:گروه اول ژنوتیپ های والدین،گروه دوم ژنوتیپ های هیبرید F5 و گروه سوم ژنوتیپ های هیبرید بك كراس دوم F5 .پارامترهای ژنتیكی از جمله تعداد آلل های متفاوت(Na)،تعداد آلل های مؤثر(Ne)،اندیس شانون(I)و تنوع ژنتیكی Nei برای هر كدام از گروه ها با استفاده از داده های ISSR و SSR محاسبه گردید. از میان 10 آغازگر homo-ISSR و 6 آغازگر hetro-ISSR كه مورد بررسی قرار گرفت در كل 28 باند پلی مورف و 22 باند مونومورف كه به طور متوسط 1.75 باند پلی مورف برای هر آغازگر و 58.85 درصد پلی مورفیسم به دست آمد.آغازگر UBC-811 بیشترین تعداد آللهای مؤثر(Ne) ،اندیس شانون(I) و تنوع ژنتیكی را نشان داد.بالاترین تنوع ژنتیكی با استفاده از نشانگر ISSR ، در گروه ژنوتیپی سوم مشاهده گردید. 8 لوكوس از 11 لوكوس SSR مورد استفاده در این تحقیق توانست 6 آلل پلی مورف و 4 آلل مونومورف تولید كند كه به طور متوسط 0.75 آلل پلی مورف برای هر لوكوس و 50 درصد پلی مورفیسم به دست آمد.لوكوس BNL-0598 بیشترین تعداد آللهای مؤثر(Ne) ،اندیس شانون(I) و تنوع ژنتیكی را نشان داد.بالاترین تنوع ژنتیكی با استفاده از نشانگر SSR، در گروه ژنوتیپی اول مشاهده گردید. آنالیز واریانس مولكولی AMOVA اختلاف معنی داری(P<0.01) بین گروه های ژنوتیپی بر اساس داده های مولكولی ISSR ، SSR و تركیبی ISSR+SSR نشان نداد.درختچه های UPGMA بر پایه نشانگرهای ISSR و SSR و تركیبی ISSR+SSR تا حدودی توانستند گروه های ژنوتیپی را از یكدیگر تفكیك نمایند.همچنین رسته بندی PCoA تایید كننده دندروگرام ها بود.آزمون مانتل بر اساس ماتریكس فواصل ژنتیكی به دست آمده از داده های ISSR و SSR همبستگی بین داده های این دو نشانگر مورد مطالعه نشان نداد.به طور كلی نشانگرهای مولكولی به كار گرفته در این مطالعه تا حدودی توانایی تمایز گروه های ژنوتیپی پنبه دیپلوئید را دارا می باشند.
كلمات كلیدی:تنوع ژنتیكی،نشانگرهای ISSR،نشانگرهای SSR،G. arboreum،G. herbaceum،ژنوتیپ های پنبه دیپلوئید
فهرست مطالب:
فصل اول-مقدمه
1-1-تاریخچه پنبه
1-2- مشتقات پنبه
1-4- گیاه شناسی پنبه
1-5- گونه های جنس Gossypium L.
1-6-وضعیت كنونی كشت پنبه دیپلوئیددر جهان
1-7- روابط فیلوژنتیک و تنوع ژنتیکی گیاهان
1-7-1- تنوع و انواع آن
1-7-2- منشأ تنوع
1-7-3-هیبریداسیون در پنبه
1-7-4- چگونگی پیدایش و استفاده از نشانگرها
1-8- اهمیت و اهداف تحقیق حاضر
فصل دوم -بررسی منابع
2-1- انواع نشانگرها
2-1-1- نشانگرهای مورفولوژیک
2-1-2- نشانگرهای سیتوژنتیکی
2-1-3- نشانگرهای مولکولی
2-1-3-1- نشانگرهای پروتئینی
2-1-3-2- نشانگرهای DNA
2-2-نشانگرهای ریز ماهواره
2-2-1- مبانی نشانگرهای ریزماهواره
2-2-2- فراوانی و توزیع ریزماهواره ها در ژنوم
2-2-3- جایگاه ژنومی ریزماهواره ها
2-2-4- چگونگی پیدایش ریزماهواره ها
2-2-6-اشکال مختلف ریزماهواره ها
2-2-7- کاربرد نشانگرهای ریزماهواره در گیاهان
2-2-8- ویژگی ریزماهواره ها
2-2-8-1- مزایای ریزماهواره ها
2-2-8-2- معایب ریزماهواره ها
2-2-9- مرگ ریزماهواره ها
2-2-10- فعالیت بیولوژیکی ریزماهواره
2-2-11- مقایسه ریزماهواره ها با سایر نشانگرها
2-2-12- استفاده از نشانگرهای SSR در گیاهان
2-3- چندشکلی ترادف های بین توالی های ساده تکرارشونده (ISSR)
2-3-1- منشأ چندشکلی در نشانگر ISSR
2-3-1-1- DNA الگو
2-3-1-2- ماهیت آغازگر استفاده شده
2-3-1-3- روش شناسایی
2-3-2- مزایای ISSR
2-3-3- معایب ISSR
2-3-4- کاربرد نشانگر ISSR
2-3-4-1- تهیه نقشه ژنتیکی
2-3-4-2- گزینش به کمک نشانگر
2-3-4-3- انگشت نگاری ژنوم
2-3-4-4- تعیین فراوانی موتیف های SSR
2-3-4-5- مطالعه روی جمعیت های طبیعی و گونه زایی
2-3-4-6- مطالعات تنوع ژنتیکی و فیلوژنتیکی
2-3-5- استفاده از نشانگرهای ISSR در گیاهان
2-4- تحقیقات مولکولی، مورفولوژیکی، سیتوژنتیکی در پنبه
2-4-1- مطالعات انجام شده در جهان
2-4-2- مطالعات انجام شده در ایران
2-5- روش های آماری
2-5-1- پارامترهای تنوع
2-5-2- فواصل ژنتیکی
2-5-3- تجزیه خوشه ای (Cluster analysis)
2-5-3-1- انواع روش های تجزیه خوشه ای
2-5-4- تجزیه به مؤلفه های اصلی (PCA)
2-5-5- تجزیه به عامل ها
فصل سوم -مواد و روش ها
3-1-معرفی ارقام مورد بررسی
3-2- مرحله جمع آوری نمونه
3-3-استخراج DNA
3-3-1-استخراج DNA بااستفاده از Kit
3-3-2-1-روش تهیه مواد و محلول های مورد نیاز
3-3-2-2-روش استخراج
3-4-ارزیابی کیفیت DNA استخراج شده
3-5-آزمایش ISSR-PCR
3-5-1-اجزای مورد نیاز برای واکنش ISSR-PCR
3-5-2-تهیه مخلوط اصلی (Master Mix)
3-6-آزمایش SSR-PCR
3-6-1-اجزای مورد نیاز برای واکنش SSR-PCR
3-7-الکتروفورز محصولات PCR
3-7-1-روش تهیه محلول های لازم برای الکتروفورز DNA روی ژل آگارز
3-7-1-1-بافرتریس بورات 5X(TBE)
3-7-2-مراحل الکتروفورز DNA روی ژل آگارز
3-7-2-1-آماده سازی ژل آگارز
3-7-2-2-الکتروفورز افقی DNA
3-7-2-3-رنگ آمیزی ژل آگارز
3-8-آنالیزهای آماری
فصل چهارم-نتایج و بحث
4-1- نتایج حاصل از استخراج DNA
4-2- واکنش ISSR-PCR
4-2-1- واکنش ISSR-PCR بهینه شده
4-2-2- برنامه دمایی ISSR-PCR بهینه شده
4-3-تجزیه و تحلیل و بحث نتایج حاصله از نشانگرهای ISSR
4-3-1-آنالیز داده های حاصل از نشانگرهای ISSR
4-3-2-تنوع ژنتیکی درون و بین گروههای ژنوتیپی مورد مطالعه بر اساس داده های ISSR
4-3-3-بررسی روابط ژنتیکی گروه های ژنوتیپی مورد مطالعه بر اساس داده های ISSR
4-3-4-رسته بندی گروههای ژنوتیپی مورد مطالعه بر اساس داده های ISSR
4-4-واکنش SSR-PCR
4-4-1-واکنش SSR-PCR بهینه شده
4-4-2- برنامه دمایی SSR-PCR بهینه شده
4-4-3 نتایج حاصل از واکنش SSR-PCR
4-5-تجزیه و تحلیل و بحث نتایج حاصله از نشانگرهای SSR
4-5-1- آنالیز داده های حاصل از نشانگرهای SSR
4-5-2- تنوع ژنتیکی درون و بین گروههای ژنوتیپی مورد مطالعه بر اساس داده های SSR
4-5-3- بررسی روابط ژنتیکی گروههای ژنوتیپی مورد مطالعه بر اساس داده های SSR
4-5-4-رسته بندی گروههای ژنوتیپی مورد مطالعه بر اساس داده های SSR
4-6-آنالیز تركیبی نتایج حاصله از دو نشانگر ISSR و SSR بر روی ژنوتیپهای مورد مطالعه
4-6-1-بررسی همبستگی داده های حاصله از نشانگرهای مولكولی SSR و ISSR
4-6-2-تنوع ژنتیكی درون و بین گروه ها ی ژنوتیپی مورد مطالعه بر اساس داده های SSR و ISSR
4-6-3-بررسی روابط ژنتیكی گروه های ژنوتیپی مورد مطالعه بر اساس داده های تركیبی SSR و ISSR
4-6-4-رسته بندی گروه های ژنوتیپی مورد مطالعه بر اساس داده های ISSR وSSR
فصل پنجم-نتیجه گیری و جمع بندی و پیشنهادات
5-1-نتیجه گیری و جمع بندی
5-2-پیشنهادات
منابع و مآخذ
منابع و مآخذ
منابع فارسی
1-آذرانی،حمید. 1376.بررسی سیتومورفولوژیك ارقام جهش یافته شیرپان و بختگان پنبه آپلند،پایان نامه كارشناسی ارشد ژنتیك،دانشكده علوم،دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات.
2-ارزانی،ا.1383.اصلاح گیاهان زراعی.مركز نشر دانشگاه صنعتی اصفهان.
3-باقری،ع.،مشتاقی،ن و شریفی، ا.1386.بیوتكنولوژی گیاهی.انتشارات جهاد دانشگاهی مشهد.
4-حسینی نژاد، زهره. 1367.بررسی تركیب پذیری و پدیده هتروزیس در پنبه,پایان نامه كارشناسی ارشد،دانشكده كشاورزی،دانشگاه تهران.
5-شیدایی،مسعود.1381.سیتوژنتیك،انتشارات آدنا.ص 406.
6-عالیشاه ، عمران. 1374.بررسی سیتولوژیكی و مورفولوژیكی ارقام دیپلوئید (بومی) پنبه ایران،پایان نامه كارشناسی ارشد اصلاح نباتات،دانشكده كشاورزی،دانشگاه تربیت مدرس.
7-عبد میشانی،س.نجات بوشهری،ع.1377.اصلاح نباتات تكمیلی(جلد دوم،بیوتكنولوژی گیاهی).انتشارات دانشگاه تهران.
8-فارسی،م.،باقری،ع.1385.اصول اصلاح نباتات.انتشارات جهاد دانشگاهی مشهد.
9-فلاحتی عنبران،م.1381.بررسی تنوع ژنتیكی یونجه با استفاده از نشانگرهای ریز ماهواره.پایان نامه كارشناسی ارشد اصلاح نباتات،دانشكده كشاورزی دانشگاه گیلان.
10-قاسمی یزدی،كمال.،عبد میشانی.،سیروس.و حسین زاده،عبدالهادی و سید طباطبایی،بدرالدین ابراهیم.1379.بررسی چند شكلی های DNA در بین تعدادی از ژنوتیپ های پنبه آپلند(Gossypium hirsutum) با استفاده از تكنیك RAPD-PCR.مجله علوم كشاورزی ایران ،جلد 31،شماره 4،ص 700-689.
11-قره یاضی،ب.1375.كاربرد نشانگرهای DNA در اصلاح نباتات.چهارمین كنگره علوم زراعت و اصلاح نباتات ایران.دانشكده كشاورزی دانشگاه صنعتی اصفهان،صفحات 380-328 .
12-مجتهدی،مسعود.،سانی،ح. 1371.زندگی گیاه سبز،چاپ دانشگاه تهران.
13-مقدم،محمد.،محمدی شوطی،سید ابوالقاسم.و آقایی سربزه،مصطفی (مترجمین).1373.آشنایی با روشهای آماری چند متغیره(تالیف:بی.اف.جی.مانلی)،انتشارات پیشتاز علم تبریز،ص 209.
14-نعمتی،نبی اله. 1366.تكامل و پراكندگی پنبه های تتراپلوئید، گزارش گردهمایی سالیانه بررسی نتایج و برنامه ریزی تحقیقات پنبه كشور، مشهد.
15-نقوی،م.ر.قره یاضی،ب.وحسینی سالكده،ق.1384.نشانگر های مولكولی.انتشارات دانشگاه تهران.صفحات 73 تا 85 .
16-نورمحمدی،زهرا.1380.بررسی سیتوژنتیكی و الكتروفورتیك برخی ارقام زراعی كلزا(Brassica napus L.) ،پایان نامه كارشناسی ارشد رشته ژنتیك،دانشكده علوم،دانشگاه شهید بهشتی.
17-یساری،آزاده.1390،تعیین موقعیت بكرایی از نظر ژنتیكی با استفاده از نشانگر مولكولی SSR.پایان نامه كارشناسی ارشد رشته مهندسی كشاورزی-بیوتكنولوژی گیاهی،دانشكده كشاورزی و منابع طبیعی، دانشگاه آزاد اسلامی واحد علوم و تحقیقات تهران.
Refrences
18-Arcade,A.,Anselin,F.,Rampant,P.F.Lesage,M.C.,Paques,L.E.,and Part,D.2000.Application of AFLP,RAPD,and ISSR markers to genetic mapping of European and Japanese larch. Theoretical Applied Genetics 100:299-07.
19-Bell,C.J.,and Ecker,J.R.1994.Assignment of 30 microsatellite loci to the linkagemap of Arabidopsis.Genomics 19:137-144
20-Bizzaro,W.,and Kenneth,M.2003.A quantitative analysis tools for simple sequence repeat(SSR) treat in DNA.BMC Bioinformatics 4:22-27.
21- Blair,M.,Panaud,O.,and McCouch,S.R.1999.Inter-simple sequence repeat (ISSR) amplification for analysis of microsatellite motif ferequency and fingerprinting in rice(Oryza sativa L). Theoretical Applied Genetics 95:211-215.
22-Bornet,B.and Branchard,M.2001.Non anchored inter simple sequence repeat (ISSR) markers:reproducible and specific tools for genome fingerprinting.Plant Molecular Biology Reports,19:209-215.
23-Botstein,D.,Whire,R.L,Skolnick,M.H.,and Dawis,R.W.1980.Construction of genetic linkage map in man using restriction fragment length polymorphism polymorphism.American Journal of Human Genetic.32:314-331.
24-Brubaker,C.L.,Wendel,J.F.1994.Reevaluating the origin of domesticated cotton(Gossypium hirsutum ; Malvaceae ) using nuclear restriction fragment length polymorphism (RFLPs) . American Journal of Botany 81: 1390- 1326.
25-Bussell, J.D. 1999.The distribution of random amplified polymorphic DNA (RAPD) diversity amongst populations of Isotoma petraea (Lobeliaceae). Mol. Ecol..8: 775-789.
26-Chambers ,G.K.,and Macavoy,E.S.2000.Microsatellites:consensus and controversy .Comparative Biochemistry and Physiology 126:455-476.
27-Chen,X.,Temnykh,S.,Xu,Y.,Cho,Y.G.,and McCouch,S.R.1997.Development of a microsatellite from work map providing genome wide.Coverage in rice (oryza Sativa L.).Theoretical Applied Genetics 95:553-567.
28-Cipriani ,G.,Lot,G.,and Huenge,W.1999.AC/GT and cross-species amplification in prunus.Application Genetic 99:65-72.
29-Cregan,P.B.,Akkaya,M.S.,Bhagwat,A.A.,Lavi,U., and Ronguen,J.1994.Length polymorphism of simple sequence repeat (SSR) DNA as a molecular marker in plaris.Plant Genome Analysis 5:47-57.
30-Cristofani,M.,Machado,M.A.,Novelli,V.M.,Souza,A.A.,and Targon,M.L.P.N.2003.Construction of linkage maps of Poncirus trifoliate and citrus sunki based on microsatellite markers.Pages 175-178 in:Proceeding of the 9 th International Society of Citriculturen Congress,Orlando,Florida.
31-Cristofani,M.,Novelli,V.M.,Oliveira, A.C.,Otaviano,A.R.,Souza,A.A.,and Machado,M.A.2001.Idetification of hybrids from interspecific crosses in citrus using RAPD and SSR markers.Laranja 22:231-41.
32-Deepak, R.S. , Satish, R.S. , Prajwal, B.T. , Bhaskar, R.P. , Andrew, H.P. , Vijay, N.W. 2011 . Genetic diversity analysis of maintainer and restorer accession in upland cotton ( Gossypium hirsutum L. ). J.Plant Biochem . Biotechnol . 20(1) : 20- 28.
33-Dongre,A.,Bhandarkar,M.,Banerjee,S.2007.Genetic diversity in tetraploid and diploid cotton(Gossyoium ssp.) using ISSR and microsatellite DNA markers.Indian Journal of Biotechnology 6:353-388.
34-Dubreuil,M.,Sebastiani,F.,Mayol,M.,Gonzales-Martinez,S.,Riba,M.,and Vendramin,G.2008.Isolation and characterization of polymorphic nuclear microsatellite loci in Taxus baccata L.Conservation Genetics 9:1665-1668.
35-Endrizzi,J.E.,Turcotte, E. L.and Kohel,R.J.1985.Qualitative genetics,cytology and cytogenetics.Cotton,Agronomy Monograph,24,Madison.
36-Excoffier, L., Samouse, P.E., Quattro, J.M. 1992. Analysis of molecular variance inferred from metric distances among DNA haplotypes: Application to human mitochondrial restriction sites. Genetics, 133: 479-491.
37-Fang,D.Q.,Roose,M.L.,Krueger,R.R.,and Federici,C.T.1997.Fingerprinting trifoliate orange germ plasm accessions with isozymes,RFLPs,and inter-simple sequence repeat markers.Theoretical and Applied Genetics 95:211-219.
38- Ferguson,M.E.,Burow,M.D.,Schulze,S.R.,Bramel,P.J.,Paterson,A.H.,
Kresovich,S.,and Mitchel,S.2004.Microsatellite identification and characterization in peanut(A. hypogaea L.).Theoretical and Applied Genetics 108:1064-1070.
39-Fryxell,P.A.,Craven,L.A. and Stewart,J.M. 1992.A revision of Gossypium sect.Grandicalyx(Malvaceae) ,including the description of six new species.Systematic Biotany. 17:91-114.
40-Gabor,T.,Gaspar,Z., and Jurka,J.2000.Microsatellite in different eukaryotic genomes:servey and analysis.Genome Research 10:967-981.
41-Godwin,I.D.,Aitken,E.A.,Smith,L.W.1997.Application of inter simple sequence repeat(ISSR) markers to plant genetics.Electrophoresis 18(9):1524-1528.
42-Goldstein,D.B.,and Schlotterer,C.1999.Microsatellites Evolution and Applications.Oxford University Press.New York:6-13.
43-Guang,C., Xiong-Ming,du.2006. Genetic diversity of source germplasm of upland cotton in China as determined by SSR marker analysis. Acta Genetica Sinica 33 (8):733–745.
44-Gupta,P.K., and Varshney,R.K.2000.The development and use of microsatellite markers for genetic analysis and plant breeding with emphasis on bread wheat.Euphytica 113:163-185.
45-Gupta,P.K.,Balyan,I.S.,Sharma , P.C.,and Ramesh,B.1996.Microsatellites in plants:Anew class of molecular markers.Current Science 70:45-54.
46-He,C.,Poysa,V.,and Yu,K.2003a.Development and characterization of simple sequence repeat(SSR) markers and their use in determining relationships among Lycopersicon esculentum cultivars.Theoretical and Applied Genetics 106:363-373.
47-He,G.,Meng,R.,Newman,M.,Gao,G.,Pittman,R.N.,and Parkash,C.N.2003b.Microsatellites DNA markers in cultivated peanut(Arachis hypogaea L.).BMC Plant Biology3:1-5.
48-Hussein,E.H.A.,Osman,M.H.,Hussein.,M.H.,and Adaway,S.S.2007.Molecular characterization of cotton genotypes using PCR-based markers.Journal of Applied Scienses Research 3(10):1156-1169.
49-Iqbal ,M.J. , Aziz, N. , Saeed ,N.A., and Zafar, Y .1997. Genetic diversity evolution of some elite cotton varieties by RAPD analysis . Theoretical and Applied Genetic 94:139-144.
50-Israr Ahmed,B.S.,Sharma,T.V.R.S.,Kumar Krishna,S.P.,Srivastava,R.C.2010.ISSR and RAPD marker based DNA fingerprinting and diversity assessment of Annona spp in South Andamans.Indian Journal of Horticulture 67(2):147-151.
51-Jewell,E.2006.SSR Primer and SSR Taxonomy Tree:Biome SSR discovery Nucleic Acids research 34:656-659.
52-Kalivas,A.,Xanthopoulos,F.,Kehagia,O.,and Tsaftaris,A.S.2011.Agronomic characterization,genetic diversity and association analysis of cotton cultivars using simple sequence repeat molecular markers.Genetics and Molecular Research 10(1):208-217
53-Kantartzi,S.,Ulloa,M.,Sacks,E.,Stewart,J.M.2009.Assessing genetic diversity in Gossypium arboretum L.Cultivars using genomic and EST-drived microsatellites.Genetica 136:141-147.
54-Kantartzi,S.,Ulloa,M.,and Stewart,J.M.2006.Genetic diversity of A-genome cotton.Summaries of Arkansas Cotton Research 112-116.
55-Kantety,R.V.,La Rota,M.,Mattews,D.E., and Sorrells,M.E.2002.Data mining for simple sequence repeats in expressed sequence tags from barley,Mize,rice,sorghum and wheat.Plant Molecular Biology 48:501-510.
56-Kantety,R,V.,Zeng,X.P.,Bennetzen,J.L.and Zehr,B.E.(1995).Assessment of genetic diversity in Dent and Popcorn(Zae mays L.)inbred Lines using inter-simple sequence repeat(ISSR) Amplification .Mod.Breed 1:365-373.
57-Kerby,T.A.,Buxton,D.R.1981.Competition between Adjacent Fryiting forms in cotton.Agron.Gour 73:867-870.
58-Khan AI, Fu YB and Khan IA (2009).Genetic diversity of Pakistani cotton cultivars as revealed by simple sequence repeat markers. Communications Biomet. Crop Sci. 4 (1): 21–30.
59-Kijas,J.M.H.,Flower,J.C.S.,and Thomas,M.R.1995.An evaluation of sequence-tagged microsatellite site markers for genetic-analysis within citrus and related species.Genome 38:349-355.
60-Kijas,J.M.H.,Thomas,M.R.,Fowler,J.C.S.,and Roose,M.L.1997.Integration of trinucleotide microsatellites into a linkage map of citrus.Theoretical and applied Genetics 94:701-706.
61-Kimberly,C.,Selkoe,A.,and Toom,R.J.2006.Microsatellites for ecologists:a practical guide to using and evaluating microsatellite markers.Ecology Letters 9;615-629.
62-Koehler-Santos,P.,Dornelles,A.L.C.,and Freitas,L.B.2003.Characterization of Mandarin citrus germplasm from Southern Brazil by morphological and molecular analysis.Pesquisa Agropequaria Brasileira 38:797-806.
63-Kohel,R.J. 1974.Influence of certain morphological characters on yield,Cotton Growing Review 51:281-292.
64-Kojima,T.,Nagaoka,T.,Noda,K.,and Ogihara ,Y.1998.Genetic linkage map of ISSR and RAPD markers in Einkorn wheat in relation to that of RFLP markers. Theoretical Applied Genetics 96:37-45.
65-Kulkarni,V.N.,Khadi,B.M., Maralappanavar,M.S., Deshapande,L.A., Narayanan,S.S.2009. The worldwide gene pools of Gossypium arboreum L. and G. herbaceum L.,and their improvement. Genetics and Genomics of Cotton, Plant Genetics and Genomics 3,1:69-97.
66-Kumar,L.S.1999.DNA markers in plant improvement.Biotechnology Advances 17:143-182.
67-Kumar,P.,Gupta,V.K.,Misra,A.K.,Modi,D.R.,and Pandey. ,B.K.2009Potential of molecular markers in plant biotechnology.Plant Omics Journal 2(4):141-146.
68-Kumar, P., Singh, K, Vikal, Y., Randhawa, L. S., and Chahal, G. S. 2003. Genetic diversity studies of elite cotton germplasm lines using RAPD markers and morphological characteristics. Indian J. Genet. Plant Breed. 63: 5-10.
69-Kutil,B.L.,and Williams,C.G.2001.Triplet-repeat microsatellites shared among hard and soft pines.Journal of Heredity 92:327-332.
70-Lacape J.M., Dessauw. D., Rajab, M.,and Noyer, J.L. 2007. Microsatellite diversity in tetraploid Gossypium germplasm: Assembling a highly informative genotyping set of cotton SSRs. Mol. Breed. 19: 45-58.
71-Lin Z,He D,Zhang X,Nie Y,Guo X,Feng C.,and Stewart JMcD.2005.Linkage map construction and mapping QTL for cotton fiber quality using SRAP,SSR and PAPD.Plant Breeding 124:180-187.
72-Liu, B., Wendel, J.F., 2001. Inter Simple Sequence repeat ( ISSR ) polymorphism as a genetic marker system in cotton . Molecular Ecology Notes , 1:205-208.
73-Liu,S.,Saha, S.,Stelly, D.,Burr, B., and Cantrell, R.G.2000.Chromosomal assignment of microsatellite loci in cotton.Journal of Heredity 91:326-332.
74-Mahmood,Z.,Raheel,F.,A Dasti,A.,Shahzadi,S.,Athar,M., Qayyum,M.2009. Genetic diversity analysis of the species of Gossypium using PAPD markers.African Journal of Biotechnology 8(16):3691-3697.
75-Mango,T.,Carriero,F.,Cifarelli,R.A.,Gallitelli,M.,and Cellini,F.2001.Development of microsatellite markers in Durum wheat(Triticum turgidum L. ssp durum) Plant & Animal genome IX conference.
76-Mantel, N. 1967. The detection of disease clustering and generalized regression approach. Cancer Research.27: 209-220.
77-Ma, X., Ding, Y., Zhou, B., Guo, W., Lv, Y., Zhu, X., Zhang, T. 2008.QTL mapping in A-genome diploid Asiatic cotton and their congruence analysis with AD-genome tetraploid cotton in genus Gossypium. Journal of Genetic and Genomics 35: 751-762.
78-Mehetre, S.S. , Gomes ,M. , Susan. E. , Aher, A.R., and Shine ,G.C. 2004a. RAPD analysis of F1 , F2 and amphiidiploid (A1) generation of Gossypium arboreum* G. capitis – Viridis . Cytologia 69:367-379.
79-Moxon,E.R.,and Wills,C.1999.DNA microsatellites:agents of evolution.Scientific American 280:94-99.
80- Murray, M. G.,and Thompson, W. F. 1980. Rapid isolation of high molecular weight plant DNA. Nucleic Acid Res 8: 4321-4325.
81-Tsumura,Y.,Ohba,K.,and inheritance of inter –simple sequence repeat polymorphism in Douglas fir(Pseudotsuga menziesii) and Sugi(Cryptometria japonica). Theoretical Applied Genetics 92:40-45.
82-Nagaoka,T.,and Ogihara Y.1997.Applicability of inter-simple sequence repeat polymorphisms in wheat for use as DNA markers in comparison to RFLP AND RAPD markers. Theoretical Applied Genetics 94:597-602.
83-Nakao-Kubo,M.H.2008.Development and characterization of simple sequence repeat (SSR) markers in the Aquatic Botany 2164-2168.
84-Nei, M., Li, W.H. 1979. Mathematical model for study genetic variation in terms of restriction endonucleases. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 79: 5269-5973.
85-Noormohammadi,Z.,Hasheminejad- Ahangarani Farahani ,Y.,Sheidai,M., Ghasemzadeh-Baraki,S.,and Alishah,O.2012. Genetic diversity analysis in Opal hybrids by multiple molecular approach: SSR, ISSR, RAPD combined method.
86-Noormohammadi,Z.,Shojaei-Jesvaghani,F.,Sheidai,M.Farahani,F.,and Alishah,o.2011a.Inter simple sequence repeats(ISSR) and its crossing progenies.African Journal of Biotechnology 10(56):11839-11847.
87-Noormohammadi,Z.,Talib Shawi Al-Rubaye M.,Sheidai,M.,Alishah,O .2011b.ISSR,RAPD and agronomic study in F1 and F2 cotton genotypes.Acta Biol Szeged 55(2):219-225.
88-Oliveira,A.C.,Garcia,A.N.,Cristofani,M.,and Machado,M.A.2002.Identification of citrus hybrids through the combination of leaf apex morphology and SSR markers.Euphytica 128:397-403.
89-Panaud,O.,Chen,X.,and McCouch,S.R.1996.Development of microsatellite markers and characterization of simple sequence length polymorphism (SSLP) in rice (oriza sativa L.).Molecular Genet.Genomics 252:597-607.
90-Pang,X.M.,Hu,C,G.,and Deng,X.X.2003.Phylogenetic relationships among citrus and its relatives as revealed by SSR markers.Acta Genetica Sinica 30:81-87.
91-Pasakinskiene,I.,Griffiths,C.M.,Bettany,A.J.E.,Paplauskiene,V.,and Humphreys,M.W.2000.Anchored simple sequence repeats as primers to generate species specific DNA markers in Lolium and Festuca grasses. Theoretical Applied Genetics 100:384-390.
92-Paterson,A.H.,Tanksley,S.D.,and Sorrells,M.E.1991.DNA markers in plant improvement.Advancess in Agronomy 44:39-90.
93-Patil,M.D,Biradar,D.P.,Patil,V.C.,Janagoudar,B.S.,Nadaf,H.L.2007.Analysis of genetic diversity of cotton genotypes using RAPD PCR technique.Karnataka J . Agric.Sci 20(2):215-217.
94-Pejic,I.,Ajmone-Marsan,P.,Morgante .(1998).Comparative analysis of genetic similarity among maiz inbred lines detected by RFLPs,RAPDs,SSRs and AFLPs. Theoretical Applied Genetics 97:1248-1255.
95-Percival,A.E.,Wendel,J.F.and Stewart,J.M. 1999.Taxonomy and germplasm resources.In:Cottone(eds Smith CW and CW and Cothren JT).John wiley and Sons,New York,pp:33-63.
96-Pherson,M.C.,Quirke,M.J.P.,and Taylor,G.R.1991.PCR I. Oxford University Press:251.
97-Phillips LL (1974) Cotton (Gossypium).In: Handbook of Genetics,Vol.2(eds King RC).Plenum,New York,pp:98-558.
98-Plaschke,J.,Ganal,M.W.,and Roder,M.S.1995.Dettection of genetic diversity in closely related bread wheat using microsatellite markers Theoretical and Applied Genetics 9:1001-1007.
99-Powell,W.,Morgante,M.,Andre,C.,Hanafey,M.,Vogel,J.,Tingey,S.,and Rafalesky,A.1996.The comparison of RFLP,RAPD,AFLP and SSR marker for diversity in wheat.Molecular Breeding 2:225-238.
100-Prevost,A and Wikinson,M.J.1999.A new system of comparing PCR primers applied to ISSR fingerprinting of potato cultivars. Theoretical Applied Genetics 98:107-112.
101-Qian,W.,Ge,S.,and Hong,D.Y.2001.Genetic variation within and among populations of a wild rice Oryza granulate from china detected by RAPD and ISSR markers. Theoretical Applied Genetics 100:1311-1320.
102-Rafalski,J.A.Tingey,S.V.M.,and Villiams,I.G.K.1991.RAPD markers a new technology for genetic mapping.Ag.Biotech News and Information 3:645-648.
103-Rahman, M., Yasmin ,T., Tabassum, N., Ullah, I., 2008. Studying the extent of genetic diversity among Gossypium arboreum L. genotypes/cultivars using DNA fingerprinting. Genet Resour Crop Evol 55: 331-339
104-Rana, M.K., and Bhat ,K.V.2005.RAPD marker for genetic diversity study among Indian cotton cultivars.Curr Sci 88:1956-1961.
105-Ratnaparkhe,M.B.,Tekeoglu,M.,and Muehlbauer,F.J.1998.Inter simple-sequence-repeat(ISSR) polymorphism are useful for finding markers associated with disease resistance gene clusters, Theoretical Applied Genetics 97:515-519.
106-Real, R. , Vargas, J.M. 1996. The probabilistic basis of jaccard’s index of similarity. Systematic Biology, 45: 380-385.
107-Reddy,M.P.,Sarla,N.and Siddiq,E.A.2002.Inter simple sequence repeat(ISSR) polymorphism and its application in plant breeding.Euphytica 128:9-17.
108-Reddy,O.U.K.,Papper,A.E.,Abdurakhmonov,I.,Saha,S,Jenkins,J.N.,
Brooks,T.,Bolek,Y.,and El-Zik,K.M.2001.New dinucleotide and trinucleotide microsatellite marker resourses for cotton genome research.The Journal of Cotton Science 5:103-113.
109-Roder,M.S.,Korzun,V.,Wendehake,K.,Plaschke,J.,Tixier,M.H.,Leroy,P.,
and Ganal,M. W.1998.A microsatellite map of wheat.Genetics 149:2007-2023.
110-Rohlf, F. J. (1998). NTSYS-pc Numerical Taxonomy and Multivariate Analysis System, Version 2.0. Applied Biostatics Inc., New York.
111-Romesburg, H.C. 1990. Cluster analysis for researchers. Krieger Publishing, Malabar, Florida, pp. 334.
112-Rossetto,M.,McLauchlan,A.,Harriss,F.C.L.,Henry,R.J.,Baverstock,P.R.,
Lee,L.S.,Maguire,T.L.,and Edwards,K,J.1999.Abundance and polymorphism of microsatellite markers in the tea tree(Melaleuca alternifolia,Myrtaceae).Teoretical and Applied Genetics 98:1091-1098.
113-Ruiz,C.,Paz Breto,M.,and Asins,M,J.2000.A quick methodology to identify sexual seedlings in citrus breeding programs using SSR markers.Euphytica 112:89-94.
114-Salunkhe,S.N., Deshmukh,Y.A.2009.Molecular characterization of elite cotton cultivars using ISSR markers . Asian Journal of Bio Science 4(2):249-253.
115-Sambrook, J., Fritsch, E. J. , Maniatis, T. 2001. Molecular cloning: A Laboratory Manual, 2na Edn. Cold Spring Harbor Laboratory Press. Cold Spring Harbor. New York.
116-Scott,K.D.,Eggler,P.,Seaton,G.,Rossetto,M.,Ablett,E.M.,Lee,L.S.,and Henry,R.J.2000.Analysis of SSRs derived from grape ESTs.Theoretical and Applied Genetics 100:723-726.
117-Semagn,K.2006.An overview of molecular marker methods for plants.African Journal of Biotechnology 5:2540-2568.
118- Sharaf, A.N., El-kadi, D. A, Alatwani,H.F., Gamal El-Din, A. Y., and Abd El-Hadi, A. A. 2009. Genetic Studies on some cotton genotypes using DNA molecular marker. 4 th Conference on Recent Technologies in Agriculture.
119-Sheidai, M .,Alishah, O.1998.Morphometric studies of Gossypium herbaceum cultivars in the Iran National Genebank.Plant Genetic Resources Newsletter 113:44-46.
120-Sheidai M,Azarani H., Hosseininejad,Z.2002.Cytogenetic study of gamma irradiated lines of cotton (Gossypium hirsutum L.). Journal of Science,Islamic Republic of Iran 13:1016-1104.
121-Sheidai,M.,Bahrami,L.,Majd,A.,Noormohammadi,Z.,Alishah,O.2010.
Genetic diversity in F2 back-cross progenies of cotton.Gene Conserve 38:167-187.
122-Sheidai,M.2008. Cytogenetic distinctiveness of sixty-six tetraploid cotton (Gossypium hirsutum L.) cultivars based on meiotic data. Acta Bot. Croat. 67 (2), 209-220.
123-Sheidai,M.,Dokhanchei,A.,Shahriari, Z H., Noormohammadi,Z., Farahanei ,F .(2007). Study of Genetic Polymorphism in Some Tetraploid Cotton Cultivars by Using RAPD Analysis.Pakistan Jornal of Biological Sciences 10(16):2748-2751.
124-Sheidai,M.,and Koobaz P.2003.Cytogenetic and morphometric study of some gamma irradiated tetraploid cotton cultivars.The Nucleus 46:29-33.
125-Sheidai, M., and Noormohammadi, Z. 2005. Chromosome pairing and unreduced gamete formation in nineteen pomegranate (Punica granatum L.) cultivars. Cytologia 70: 257-265.
126-Sheidai, M.,Vafaie- Tabar,M.,Mirzai Nedoshan,H.,and Hosseininejad Z.1998.Cytogenetical studies in Gossypium hirsutum L. cultivar and their hybrids.Cytologia 63:41-48.
127-Sheidai,M., Yahyazadeh, F., Farahanei,F., Noormohammadi,Z. 2008. Genetic and morphological variations induced by tissue culture in tetraploid cotton (Gossypium hirsutum L.). Acta Biologica Szegediensis, Volume 52(1):33-38
128-Sneath, P.H.A.,and Sokal, R.R. 1973. Numerical taxonomy. Eds, Freeman, San Francisco.
129-Sokal, R.R.,and Rolf, F.J. 1995. Biometry: The principles and practice of statistics in biological research, 3rd Eds. W.H. Freeman and Company, New York, pp. 887.
130-Stanton MA,Steward JMcD,Percival,a.e.,and Wendel,J.F. 1994.Morphological diversity and relationships in the A-genome cotton,Gossypium arboretum and G. herbaceum.Crop Science 34:519-527.
131-Stephenson, P.,Bryan,G.,and Von Bothmer,R.1997.Analysis of tetraploid Elymus species using wheat microsatellite marker and RAPD marker Genome 40:806-814.
132-Tafvizei, F., Sheidai, M., Nourmohammadi ,Z., Alishah, O., Farahani ,F.2010.Cytogenetic and RAPD analysis of cotton cultivars and their F1 progenies. Caryologia 63: 73-81.
133-Thiel,T.,Michalek,W.,Varshney ,R.K.,and Graner,A.2003.Exploiting EST databases for the development and characterization of gene-drived SSR-markers in barley (Hordeum vulgare L.).Theoretical and applied Genetics 106:411-422.
134-Tsumura,Y.,Ohba,K.,and Strauss,S.H.1996.Diversity and inheritance of inter –simple sequence repeat polymorphism in Douglas fir(Pseudotsuga menziesii) and Sugi(Cryptometria japonica). Theoretical Applied Genetics 92:40-45.
135-Ullah,I.,Iram,A.,Iqbal.,M.Z.,Nawas,M.,Hasni,S.M.,and Jamil,S.2012. Genetic diversity analysis of Bt cotton genotypes in Pakistan using simple sequence repeat markers. Genet Mol Res 11 (1): 597-605.
136-Vafaie-Tabar, M.,Chandrashekaran,S.,Singh, R.P.and Rana,M.K.2003.Evaluation of genetic diversity in Indian tetraploid and diploid cotton(Gossypium ssp.)by morphological characteristic and RAPDs.Indian Journal of Genetics and Plant Breeding 63:230-234.
137-Varshney,R.K.,Thiel,T.,Stein,N.,Langridge,P.,and Graner,A.2002.In Silico Analysis on Frequency and Distribution of Microsatellite in ESTs of some cereal species.Cellular and Molecular Biology 7:537-546.
138-Wang,G.,Mahalingan,R.,and Knap,H.T.1998.(C-A) and (G-A) anchored simple sequence repeats(ASSRs) generated polymorphism in soybean,Glycine max (L.) Merr. Theoretical Applied Genetics 96:1086-1096.
139-Wang, X., Ma, J., Yang, S., Zhang, G., 2007. Assessment of genetic diversity among Chinese Upland cottons with Fusarium and/or Verticillium wilts resistance by AFLP and SSR markers. Front Agric China 1: 129-135.
140-Wang,Z.,Webber,J.L.,Zhang,G.,and Tanksley,S.D.1994.Survey of plant short tandom repeats.Theoretical and Applied Genetics 88:1-6.
141-Wei,J.,Hong-bo,Z.,and Jue-min,H.2008.Genetic diversity in germplasm resource 0f cotton fromdifferent area based on ISSR markers.Cotton Sci20:348-353.
142-Weigand,F.,Baum,M.,and Udupa,S.1992.DNA molecular techniques.Technical manual,ICARDA 20:51.
143-Wendel, J.F. , Brubaker, C.L. , Percival, A.E .1992 . Genetic diversity in Gossypium hirsutum and the origin of upland cotton . American Journal of upland cotton . American Journal of Botany 79:1291 – 1310.
144-Wendel,J.F., Olson,P.D., and Stewart, J.McD.1989. Genetic diversity, introgression, and independent domestication of old world cultivated cottons. American Journal of Botany 76:1795-1806.
145-Wilder,J.,and Hollocker,H.2001.Mobile elements and the genesis of microsatellite in dipterans.Molecular Biology and Evolution 18:384-392.
146-Williams,J.G.K.,Kubelik,A.R.,Livak ,K.J.,Rafalski,J.A.,and Tingey,S.V.1990.DNA polymorphism amplified by arbitrary primers are useful as genetic markers.Nucleic Acid Research 18:6531-6535.
147-Wolfe,A.D.,Xiang,Q.R.,and Kephart,S.R.1998.Diploid hybrid speciation in Penstemon(Scro phulariaceae).Proc Natl Acad Sci USA 95:5112-5115.
148-Wolff,K.,Zietkiewicz,E.,and Hofstra,H.1995.Identification of chrysanthemum cultivars and stability of DNA fingerprint patterns. Theoretical Applied Genetics 91:439-447.
149-Yang,L.,De-Chun,L.,Bo,W.,and Zhong-Hai,S.2006.Genetic diversity of pummelo(Citrus grandis Osbeck) and its relatives based on simple sequence repeat markers.Journal of Agricultural Biotechnology 14:90-95.
150-Zane,L.,Bargelloni,L.,and Patarnello,T.2002.Strategies for microsatellite isolation:a review.Molecular Ecology 11:1-16
151-Zhu,y.,Strassman,J.E.,and Queller,D.C.2002.Insertion,substitution and the origin microsatellite.Genetic Research Cambridge 76:227-236.